Tracce di insediamenti nell'area dell'odierna Salisburgo sono state documentate fino dal Neolitico e si pensa divenne in seguito un accampamento celtico. A partire dal 15 a.C. le piccole comunita' confluirono nel centro abitato sulle rive del fiume Salzach, chiamato Juvavum, che nel 45 d.C. ottenne i diritti di municipalita'. 

Il nome "Salzburg" (Salisburgo) venne assegnato per la prima volta nel 755 e deriva dall'economia portante della citta', vale a dire l'estrazione di sale dalle miniere di salgemma; Salzburg, infatti, in tedesco significa "Castello del sale", nonche', lo stesso fiume che attraversa la citta', significa qualcosa come "Via del sale".

Il 20 aprile del 798 Papa Leone III la nomina Arcidiocesi dietro richiesta del re dei Franchi Carlomagno. Come provincia della Chiesa comprendeva quasi tutto il territorio della Baviera e gran parte dell'odierna Austria. Nel 1077 ha inizio la costruzione, da parte dell'arcivescovo Gebhard von Helfenstein, della fortificazione che diventera' nel corso dei secoli la fortezza di Hohensalzburg (Alta Salisburgo).

Nel 1166 l'imperatore Federico Barbarossa mise al bando l'arcivescovado, perche' l'arcivescovo Corrado II era subentrato al comando della Signoria di Salisburgo. Un anno piu' tardi la citta' venne distrutta quasi completamente da un incendio appiccato dai fautori della causa imperiale. A questo si aggiunse la Peste nera che nel 1348 uccise quasi un terzo della popolazione cittadina. Verso la fine del XIV secolo la citta' si rese definitivamente indipendente dalla Baviera.

Nel 1481 l'imperatore Federico III assicuro' alla citt il diritto di libera scelta del consiglio cittadino e del borgomastro. Nel 1511 l'arcivescovo Leonhard von Keutschach reagi' violentemente a questa presa di posizione; fece imprigionare sia il borgomastro che il consiglio cittadino nonch privo' la citta' dei sui privilegi. Nel 1525 scoppi la cosiddetta "Guerra dei Contadini di Salisburgo". I rivoltosi invasero la cittadella della Residenza e assediarono larcivescovo, barricato nella fortezza di Hohensalzburg.

Nei primi anni del 1600, la citta' venne trasformata in stile barocco per volere degli arcivescovi: Wolf Dietrich von Raitenau, Markus Sittikus Conte di Hohenems e Paris Conte di Lodron. Quest'ultimo grazie alla sua politica neutrale riusc a tenere Salisburgo fuori dalla Guerra dei Trent'anni.

Dal 1772 al 1803, durante il regno dell'arcivescovo Hieronymus Conte Colloredo, Salisburgo assistette ad una profonda revisione del sistema scolastico secondo l'esempio austriaco, che comporto' l'arrivo in citta' di numerosi artisti e scienziati. Con l'ultima seduta del Sacro Romano Impero della Nazione Germanica, il potere temporale dei vescovi e degli arcivescovi salisburghesi venne abolito.

Nel 1803 il Principato di Salisburgo passo' all'Austria. Nel 1810 torno' alla Baviera, e nel 1816, a seguito del Congesso di Vienna, rientro' nei territori austriaci. Nel 1850 Salisburgo divenne territorio indipendente della corona d'Austria.

Nel  1921 al referendum sull'annessione alla Germania vinsero i NO! E' l'inizio degli anni piu' cupi della citta' barocca.

Il 13 marzo del 1938, in seguito alla scelta di Adolf Hitler di annettere l'Austria al territorio tedesco, Salisburgo vede l'ingresso delle truppe tedesche. Il 10 aprile 1938 si sussegueno degli eventi disastrosi per la citta': referendum sull'annessione forzata alla Germania; un enorme rogo dei libri sulla piazza della Residenza; arresto dei cittadini ebrei e degli oppositori politici; distruzione della sinagoga.

Nel 1942, sia in citta' che a St. Johann, furono eretti alcuni Lager per i prigionieri di guerra sovietici e di altre nazionalita' e un anno pi tardi il dirigente nazista Scheel fa costruire un rifugio antiaereo nella montagna cittadina.

Nel corso della Seconda Guerra Mondiale, quindici bombardamenti di aerei americani colpiscono Salisburgo. Viene colpita soprattutto l'area della stazione, ma anche il centro, con la cupola del Duomo e l'abitazione di Mozart. Il 4 maggio del 1945 il giorno dell'ingresso delle truppe americane nella citta' opera del Maggiore Lepperdinger. Gli americani insediano il sindaco Richard Hildmann e creano i partiti politici SP, VP e KP. A questo segue un'ondata di fuggiaschi che si rifugiano a Salisburgo all'interno di baracche, nei campi di prigionia e in alloggi d'emergenza. 

L'11 agosto del 1945 si tiene la  prima rappresentazione del Festival di Salisburgo del dopoguerra.
Il 26 settembre, durante la conferenza dei Lnder austriaci, Salisburgo e' la prima  Land a volere la ricostituzione della Repubblica Austriaca e il riconoscimento del governo di Renner a Vienna.

Salisburgo e l'Alta Austria costituiscono la zona d'occupazione americana in Austria.
Nelle prime settimane, le truppe d'occupazione abbattono molti degli edifici, ma presto si passa a una cooperazione con i governanti locali. La convivenza fra la popolazione e le truppe americane non presenta attriti di sorta. Grazie agli aiuti finanziari e alle spese sostenute dagli occupanti, si assiste ad una rapida ripresa economica, tale da far soprannominare Salisburgo  "Occidente Dorato", termine utilizzato soprattutto nell'Austria orientale.